Installieren von RLink unter Linux

Ich habe R separat installiert und kann Folgendes tun:

InstallR["RHomeLocation" -> "/usr/lib64/R"]

Ich kann die in der Dokumentation bereitgestellten Beispiele ausführen. Ich verwende Fedora 17 64 Bit.

Ich hatte dieses Problem auch unter Ubuntu 12.04, aber diese Lösung hat mir nicht geholfen. Ich glaube ich habe es aber gelöst. Ich vermute, dass einige meiner Schritte unnötig (oder unnötig verwickelt) waren, aber hier ist es:

Machen Sie zuerst das R-Startskript und die von Mathematica installierte Binärdatei ausführbar. Ich weiß nicht, ob Mathematica diese tatsächlich ausführt, aber es erlaubte mir, sie zu testen.

 cd ~/.Mathematica/Paclets/Repository/RLinkRuntime-Linux-x86-64-9.0.0.0/SystemFiles/Linux-x86-64/R/bin
 chmod +x R
 cd exec
 chmod +x R
 cd ..
 gedit R

oder irgendeinen Texteditor. Das Launcher-Skript hatte viele Verweise auf „/Developer/leonids/“, die in Pfaden fest codiert waren. Ich habe die folgenden Zeilen ersetzt:

04 R_HOME_DIR=/home/{my username}/.Mathematica/Paclets/Repository/RLinkRuntime-Linux-x86-64-9.0.0.0/SystemFiles/Linux-x86-64/R
35 R_SHARE_DIR="${R_HOME_DIR}/share"
37 R_INCLUDE_DIR="${R_HOME_DIR}/include"
39 R_DOC_DIR="${R_HOME_DIR}/doc"

Danach funktionierte R immer noch nicht über die Befehlszeile; es beschwerte sich darüber, dass es keine libg2c.so.0 habe. Das ist in keiner derzeit gewarteten Ubuntu-Distribution verfügbar, aber ich habe ein RPM aufgespürt:compat-libf2c-34-3.4.6-9.x86_64.rpm.So,

sudo alien compat-libf2c-34-3.4.6-9.x86_64.rpm
sudo dpkg -i compat-libf2c-34-3.4.6-9.x86_64.deb

R beschwerte sich weiterhin über das Fehlen von libg2c.so.0. Es stellte sich heraus, dass es am falschen Ort war, weil 64-Bit-Fedora und Ubuntu ihre Bibliotheken an verschiedenen Orten aufbewahren.

sudo cp /usr/lib64/libg2c.* /usr/lib/

Voilà! R funktioniert jetzt über die Befehlszeile und RLink funktioniert ebenfalls.

Übrigens sieht es so aus, als wäre libg2c jetzt im Grunde veraltet, also würde es idealerweise als Abhängigkeit zugunsten einer moderneren FORTRAN-Laufzeit entfernt, z. gfortran.

Was ich vermute, ist, dass Ihrer Linux-Variante entweder bestimmte Bibliotheken fehlen, die wir als Standard betrachteten, oder Versionen dieser Bibliotheken enthält, die mit einigen der Bibliotheken in Konflikt stehen, die wir mit der internen R-Distribution ausliefern. Leider ist es nicht einfach, genau zu diagnostizieren, welche Bibliotheken problematisch sind, aber ich werde versuchen, dem nachzugehen.

Die Situation mit Linux ist derzeit wie folgt:Wir haben unser Bestes versucht, um auf verschiedenen Linux-Distributionen zu testen, aber die Art und Weise, wie die Standard-R-Distribution von RLink funktioniert, ist so, dass es bei einigen Linux-Distributionen zu Bibliotheksversionskonflikten kommen kann, da wir die R-Distribution erweitern mussten mit zusätzlichen abhängigen Bibliotheken.

Wir haben auf CentOS 5 und auch auf Ubuntu getestet. Ich habe es gerade erneut getestet und RLink funktioniert für mich unter Ubuntu 10.04 32 Bit, das auf der virtuellen Box (VMWare) ausgeführt wird. Und es ist mit ziemlicher Sicherheit nicht Java, da RLink die JVM verwendet, die mit Mathematica geliefert wird. Was wir für Linux tun werden, ist, verschiedene Probleme dieser Art zu sammeln und zu versuchen, sie so gut wie möglich zu lösen. Einige Probleme sind jedoch Linux inhärent, da es viele verschiedene Geschmacksrichtungen mit etwas unterschiedlichen Kernbibliotheken hat.