Es kann sein, dass Sie beim Booten von Linux Windows im Energiespar-/Ruhezustand belassen haben, anstatt es herunterzufahren. (Windows10 ist notorisch resistent gegen ein ordnungsgemäßes Herunterfahren.) Windows behält möglicherweise einen Teil des Dateisystems im Cache (d. h. die Auslagerungsdatei) und erwartet nicht, dass ein anderes Betriebssystem die Festplatte geändert hat.
Versuchen Sie herauszufinden, wie es wirklich geht Windows herunterfahren.
Neuere Windows-Versionen enthalten Startoptimierungen, bei denen Festplattendaten an einem anderen Ort als derselben Festplatte zwischengespeichert werden, was das Verhalten verursacht, das Sie festgestellt haben, wenn von einem anderen Betriebssystem auf die Festplatte zugegriffen wird.
Sie können die Gruppenrichtlinie Start- und Fortführungsoptimierungen deaktivieren verwenden (befindet sich in Computer Configuration\Administrative Templates\System\Disk NV Cache), wodurch Windows nur die Dateien speichern sollte, die sich auf ihrer Partition befinden. Es sind auch einige andere Einstellungen für das nichtflüchtige Caching verfügbar, aber diese sollten Ihr Problem beheben.