"Ich möchte die gesamte Datei in einem einheitlichen Format ausgeben. Gibt es eine Möglichkeit, dies mit diff zu tun?"
Ja.
diff -U 9999999 file1.txt file2.txt > diff.txt
Dies sollte funktionieren, vorausgesetzt, Ihre Dateien sind weniger als 10 Millionen Zeilen lang.
Eine Option, die für Sie in Frage kommt,
sdiff :Vergleich von Dateien nebeneinander.
sdiff -o merged.file left.file right.file
Dort werden Sie gefragt, welche Zeilen Sie aus welcher Datei behalten möchten. Drücken Sie ? und dann enter für eine kleine Hilfe. Auch man sdiff mit den ausführlichen Waren.
(In meiner Distribution sind diese im "diffutils"-Paket [fedora,centos] verpackt)
Wenn Sie den Prozess automatisieren müssen, sollten Sie das Dienstprogramm merge ausprobieren , wodurch Konflikte in den Dateien markiert werden. Das könnte Sie jedoch wieder auf den Anfang bringen.