Ein paar Gründe:
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Das BCrypt-basierte Schema ist nicht NIST-zugelassen.
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Hash-Funktionen sind für diese Art der Verwendung konzipiert, Blowfish jedoch nicht.
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Die zusätzliche Sicherheit von BCrypt basiert darauf, dass es rechenintensiv ist, und nicht auf der Art des Algorithmus. Sich auf rechenintensive Vorgänge zu verlassen, ist nicht gut für die langfristige Sicherheit.
Siehe http://en.wikipedia.org/wiki/Crypt_%28Unix%29 für einige Diskussionen darüber.
OpenSUSE 11.4 verwendet (zumindest) standardmäßig Bcrypt.