Hängt vom Dateisystem und der eigentlichen Überprüfung ab. Z.B. normalerweise ist es keine gute Idee, einen reiserfsck --rebuild-tree zu unterbrechen aber es kann nichts passieren, wenn ein Nur-Lese-fsck eines ext3-Dateisystems unterbrochen wird.
Die Dateisystemprüfung beim Booten ist normalerweise schreibgeschützt, bis sie ein Problem findet, dann wird sie Sie auffordern, bevor Sie Änderungen vornehmen, so dass es wahrscheinlich sicher ist, sie zu unterbrechen.
Aber Es ist durchaus möglich (und nicht ungewöhnlich für Server, die nach einem Stromausfall wieder hochgefahren werden müssen), dass es auf Auto-Fix gesetzt wird, es sei denn, Sie wissen es sicher dass Ihr System nicht so konfiguriert ist, lassen Sie es zur Sicherheit vollständig laufen.
Die meisten fsck-Programme sind so geschrieben, dass alle vorgenommenen Änderungen so atomar wie möglich sind und dass sie aufräumen (alle aktuellen Änderungen abschließen oder rückgängig machen), bevor sie auf ein TERM- oder INT-Signal reagieren (SIGINT ist das, was an die gesendet wird aktiver Prozess, wenn ctrl +c gedrückt wird), also sollte sogar ein aktiv schreibender fsck sicher unterbrochen werden können, aber ich würde nicht empfehlen, das Risiko einzugehen - besser als Nachsicht!