Sie müssen das Flag -I verwenden, um ein Muster auszuschließen:
tree -a -I '.git'
Hoffe es hilft.
Ich habe einen knotenbasierten Baumklon namens tree-fiddy geschrieben, der Gitignore-Einstellungen berücksichtigt. Es ist im Moment ziemlich Alpha, aber es funktioniert gut auf meinen Rechnern.