Wie Lou erwähnt hat, versuchen Sie mkvmerge so (über die Befehlszeile):
mkvmerge -o output.webm -w file1.webm + file2.webm
Denken Sie daran, dass das WebM-Containerformat eine strikte Teilmenge von Matroska ist, sodass Matroska-Tools mit WebM-Dateien funktionieren. Probieren Sie mkvmerge (das mit mkvtoolnix geliefert wird) aus, um Dateien ohne erneute Codierung erneut zu muxen. Das Ergebnis kann für Ihre Zwecke zufriedenstellend sein oder auch nicht, aber mkvtoolnix ist ausgereift und GPLv2-lizenziert und einen Versuch wert. Es gibt sogar eine mkvmerge-GUI.