Ich habe das Problem endlich gefunden. Wenn Dbus nach Konfigurationsdateien sucht, um Berechtigungen (wie Eigentumsrechte) zu vergeben, muss die Datei nicht nur in system.d/ sein, sondern auch auf .conf enden.
Meine Konfigurationsdatei "org.dbus.arduino" sollte "org.dbus.arduino.conf" gewesen sein. Ich habe den Code aus system.conf entfernt. Bestätigt, dass ich keine Berechtigungen mehr hatte, erstellte eine Konfigurationsdatei unter "system.d/org.dbus.arduino.conf", mir wurden Berechtigungen gewährt. Ich habe dann versucht, die Datei in "org.dbus.arduino" umzubenennen und bestätigt, dass die Berechtigungen verweigert wurden.