Es gibt ein "unveränderliches" Bit für Dateien.
Programme (auch wenn sie als Root ausgeführt werden) können die Datei nicht manipulieren. Natürlich kann root das Bit rückgängig machen, aber die meisten Programme (insbesondere nicht bösartige) kommen nicht darüber hinweg.
Stellen Sie es mit
einsudo chattr +i file
Sie sollten Root-Perms haben
sudo chattr +i file