Ich habe gerade eine Anleitung geschrieben, wie das Kopieren und Einfügen zwischen OS X und Ubuntu auf VirtualBox funktioniert, da es mich frustriert hatte. Vielleicht hilfreich für jemanden, der auf diese Frage stößt:
http://blog.nostopbutton.com/2013/08/24/setup-copy-and-paste-between-os-x-and-linux-virtualbox/
Ich hatte gerade das gleiche Problem. Nachdem Sie sichergestellt haben, dass die gemeinsame Nutzung der Zwischenablage aktiviert ist, drücken Sie Strg+Umschalt+V, um sie in das Terminal in Debian einzufügen.
Manchmal ist es einfach einfacher, ein Terminal auf dem Mac zu öffnen und dann eine SSH-Verbindung zum VirtualBox-Gast herzustellen. Das vermeidet viel Ärger mit Fokuswechseln usw.