Emacs kann das aktuelle Verzeichnis (Standard-Verzeichnis) nicht nachverfolgen, wenn es per SSH zu anderen Maschinen geht.
Sie können default-directory festlegen zu einem Tramp-Dateinamen wie /ssh:YOURHOST:/home/dir" auf Ihrem aktuellen Shell-Puffer manuell.
Ich starte Shell-Sessions auf einem Remote-Rechner meistens über Tramp-Bookmarks/Shell. Tramp legt Standardverzeichnis fest automatisch. Aber es gibt einen Fehler in der Verzeichnisverfolgung auf entfernten Dateien, der in Trunk behoben ist (unveröffentlicht).
http://comments.gmane.org/gmane.emacs.bugs/39082
Anstatt die M-x-Shell auszuführen und ssh auf dem Remote-Computer auszuführen, besuchen Sie ein Verzeichnis auf dem Remote-Computer (mithilfe von Tramp) und führen Sie dann die M-x-Shell in diesem Dired-Puffer aus.