https://superuser.com/questions/347560/is-there-a-tool-to-measure-file-difference-percentage hat dafür eine nette Lösung,
wdiff -s file1.txt file2.txt
Weitere Optionen siehe man wdiff.
So etwas vielleicht?
Zwei Dateien, A1 und A2.
$ sdiff -B -b -s A1 A2 | wc
würde Ihnen geben, wie viele Linien sich unterschieden. wc ergibt total, dividiere einfach.
Die -b und -B sollen Leerzeichen und Leerzeilen ignorieren, und -s sagt, dass die gemeinsamen Zeilen unterdrückt werden sollen.