featureCounts ist ein hocheffizientes und genaues Lesezusammenfassungsprogramm.
Die allgemeine Syntax des Befehls lautet:
featureCounts [options] -a [annotation_file] -o [output_file] input_file1 [input_file2]
Falls Sie auf den folgenden Fehler stoßen:
featureCounts: command not found
Möglicherweise müssen Sie das Subread-Paket entsprechend Ihrer Wahl des Betriebssystems installieren:
| Verteilung | Befehl |
|---|---|
| Debian | apt-get install subread |
| Ubuntu | apt-get install subread |
| Kali-Linux | apt-get install subread |
| Raspbian | apt-get install subread |
Das Subread-Paket umfasst eine Reihe von Softwareprogrammen zur Verarbeitung von Next-Gen-Sequencing-Lesedaten, darunter:
- Subread :ein Allzweck-Read-Aligner, der sowohl genomische DNA-seq- als auch RNA-seq-Reads ausrichten kann. Es kann auch verwendet werden, um genomische Mutationen zu entdecken, einschließlich kurzer Indels und struktureller Varianten.
- Subjunc :ein Read-Aligner, der für das Alignment von RNA-seq-Reads und für die Erkennung von Exon-Exon-Verbindungen entwickelt wurde. Genfusionsereignisse können ebenfalls nachgewiesen werden.
- featureCounts :ein Softwareprogramm, das zum Zählen von Reads auf genomische Merkmale wie Gene, Exons, Promotoren und genomische Bins entwickelt wurde.
- Sublong :ein Long-Read-Aligner, der auf Basis von Seed-and-Vote entwickelt wurde.
- exakter SNP :ein SNP-Anrufer, der SNPs entdeckt, indem er Signale gegen lokale Hintergrundgeräusche testet.