Bio-Linux wurde im Juli 2006 in einem Nature Biotechnology-Artikel vorgestellt und ausführlich beschrieben. Die Verteilung war eine Gruppenarbeit des Natural Environment Research Council im Vereinigten Königreich. Wie die Schöpfer und Autoren betonen, haben die Analyseanforderungen der Hochdurchsatz-„-omic“-Wissenschaft (Genomik, Proteomik, Metabolomik) die Entwicklung integrierter Computerlösungen erforderlich gemacht, um die daraus resultierenden Berge experimenteller Daten zu analysieren.
Aus diesem Bedürfnis heraus wurde Bio-Linux geboren. Die Distribution dient laut ihren Erstellern als „kostenlose Bioinformatik-Workstation-Plattform, die auf allem, von einem Laptop bis zu einem großen Server, installiert werden kann“. Die aktuelle Distributionsversion Bio-Linux 8 baut auf einer Ubuntu 14.04 LTS-Basis auf. Daher ist das allgemeine Erscheinungsbild von Bio-Linux dem von Ubuntu ähnlich.
In meiner eigenen Arbeit als Forschungsimmunologe kann ich sowohl die Notwendigkeit als auch den Erfolg des integrierten Softwareansatzes im Design und in der Entwicklung von Bio-Linux bestätigen. Bio-Linux fungiert als echte schlüsselfertige Lösung für die Datenpipeline-Anforderungen der modernen Wissenschaft. Wie die Website erwähnt, enthält Bio-Linux mehr als 250 vorinstallierte Softwarepakete, von denen viele speziell auf die Anforderungen der bioinformatischen Datenanalyse zugeschnitten sind.
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Die Leistungsfähigkeit dieses Ansatzes wird sofort deutlich, wenn Sie versuchen, den Softwareinstallationsprozess unter einem anderen Betriebssystem zu duplizieren. Die Integration aller Softwarekomponenten und die Installation aller erforderlichen Abhängigkeiten ist immens zeitaufwändig und teilweise nicht einmal außerhalb des Linux-Betriebssystems möglich. Die Bio-Linux-Distribution bietet eine tragbare, stabile, integrierte Umgebung mit vorinstallierter Software, die ausreicht, um mit einer Vielzahl von bioinformatischen Analyseaufgaben zu beginnen.
Inzwischen sagen Sie wahrscheinlich:„Ich bin begeistert – wie bekomme ich diese tolle Distribution?“
Ich bin froh, dass Sie gefragt haben. Ich beginne damit, dass es auf der Bio-Linux-Website eine hervorragende Dokumentation gibt. Diese Dokumentation enthält sowohl Installationsanweisungen als auch einen sehr gründlichen Überblick über die Verwendung der Distribution.
Die Distribution kann lokal installiert und ausgeführt werden, von einer CD/DVD oder USB ausgeführt, auf einem Server installiert oder aus einer virtuellen Maschinenumgebung heraus ausgeführt werden. Um den Installationsvorgang für die lokale Installation zu starten, laden Sie das Disk-Image oder ISO für die Bio-Linux-Distribution herunter. Das Disk-Image ist eine 3,3-GB-Datei, und abhängig von Ihrer Internet-Download-Geschwindigkeit ist dies möglicherweise ein guter Zeitpunkt, um eine Tasse Kaffee zu trinken oder ein schönes Nickerchen zu machen.
Sobald die ISO heruntergeladen wurde, empfehlen die Bio-Linux-Entwickler die Verwendung von UNetBootin, einem frei verfügbaren plattformübergreifenden Softwarepaket zur Erstellung bootfähiger USBs. Es gibt einen Link für UNetBootin auf der Bio-Linux-Website. Ich kann die Wirksamkeit von UNetBootin sowohl in Mac- als auch in Linux-Betriebssystemen bestätigen.
Auf Betriebssystemen der Unix-Familie (Mac OS und Linux) ist es auch möglich, einen bootfähigen USB-Stick über die Befehlszeile mit dd zu erstellen Befehl:
[sudo umount „USB-Speicherort“
sudo dd bs=4M if=“ISO-Speicherort“ von =“USB-Speicherort“ conv=fdatasync]
Unabhängig von der Methode, die Sie verwenden, könnte dies eine weitere gute Zeit für eine Kaffeepause sein.
An diesem Punkt meiner Installation schien UNetBootin beim squashfs einzufrieren Dateiübertragung während der bootfähigen USB-Erstellung. Eine schnelle Überprüfung der Ubuntu-Festplattenanwendung bestätigte jedoch, dass die Datei immer noch auf den USB geschrieben wurde. Mit anderen Worten, haben Sie etwas Geduld – es dauert einige Zeit, den bootfähigen USB-Stick herzustellen.
Sobald Sie Ihren Kaffee getrunken haben und einen fertigen USB-Stick in der Hand haben, können Sie Bio-Linux verwenden. Wie die Bio-Linux-Website darauf hinweist, können Sie möglicherweise nicht vom USB booten, wenn Sie versuchen, einen bootfähigen USB mit einem Mac-Computer (insbesondere neuere Hardwareversionen) zu verwenden. Es gibt Problemumgehungen, aber sie beinhalten die Konfiguration des Systems für Dual-Boot. Ebenso kann es auf Windows-basierten Computern erforderlich sein, Änderungen an der Startreihenfolge und möglicherweise den sicheren Starteinstellungen für den Computer im BIOS vorzunehmen.
Von diesem Punkt an liegt es an Ihnen, wie Sie die Distribution verwenden. Sie können die Distribution vom USB ausführen, um sie zu testen. Sie können die Distribution auf Ihrem Computer installieren. Sie können sogar den Anweisungen auf der Bio-Linux-Website folgen, um eine VM-Instanz der Distribution zu erstellen oder sie auf einem Server auszuführen. Unabhängig davon, wie Sie es verwenden, steht Ihnen eine leistungsstarke bioinformatische Datenanalyse-Workstation zur Verfügung.
Vielleicht haben Sie einen beruflichen Bedarf an einer solchen Workstation, aber selbst wenn Sie Bio-Linux nie als professioneller Forscher verwenden, könnte es eine großartige Ressource für Biologielehrer auf allen Ebenen darstellen, um Studenten in die modernen Prinzipien der Bioinformatik einzuführen. Für den Preis eines Laptops und eines USB-Geräts kann jede Schule über ein In-silico-Lehrmittel verfügen, um den Unterricht im „-omics“-Zeitalter zu ergänzen. Ihre einzigen Einschränkungen sind Ihre Kreativität und die Leistung Ihrer Hardware.
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Als Open-Source-Betriebssystem mit starker Community-Unterstützung teilt der Linux-Kernel viele der Stärken, die andere erfolgreiche Open-Source-Software-Bemühungen gemeinsam haben. Linux ist in der Regel sowohl stabil als auch anpassbar. Es ist auch ziemlich hardwareunabhängig und kann neben anderen Betriebssystemen auf einer Vielzahl von Hardwarekonfigurationen ausgeführt werden. Tatsächlich ist die Installation von Linux eine gängige Methode, um veraltete Hardware wieder nutzbar zu machen, die andere moderne Betriebssysteme nicht ausführen kann. Linux ist auch sehr portabel und kann von jedem bootfähigen externen Speichergerät, wie z. B. einem USB-Laufwerk, ausgeführt werden, ohne dass das Betriebssystem dauerhaft installiert werden muss.
Es ist diese Kombination aus Stabilität, Anpassbarkeit und Portabilität, die mich ursprünglich zu Linux geführt hat. Jede Linux-Betriebssystemvariante wird als Distribution bezeichnet (oder Distribution ), und es scheint, als gäbe es eine Linux-Distribution für jedes erdenkliche Computerszenario oder jeden Wunsch. Die Optionen können tatsächlich ziemlich einschüchternd sein, und ich vermute, dass sie Leute oft davon abhalten, Linux auszuprobieren.
„Wie viele verschiedene Verteilungen kann es überhaupt geben?“ Sie fragen sich vielleicht. Wenn Sie ein paar Minuten oder sogar ein paar Stunden Zeit haben, werfen Sie einen Blick auf DistroWatch.com. Wie der Name schon sagt, widmet sich diese Seite der Katalogisierung aller Dinge, die mit der Linux-Distribution zu tun haben. Für visuelle Lerner gibt es einen erstaunlichen Linux-Stammbaum, der es wirklich ins rechte Licht rückt.
Während ganze Bücher dem Thema Linux-Distributionen gewidmet sind, hängen die Unterschiede oft davon ab, welche Software in der Basisinstallation enthalten ist, wie die Software verwaltet wird und grafische Unterschiede, die sich auf das „Look and Feel“ der Distribution auswirken. Natürlich gibt es auch Feinheiten in Bezug auf Hardwarekompatibilität, Geschwindigkeit und Stabilität.