Lösung 1:
 Sie möchten den --strip-components=NUMBER verwenden Option von tar :
 --strip-components=NUMBER
       strip NUMBER leading components from file names on extraction
 Ihr Befehl wäre:
tar xfz /var/www/site.gz --strip-components=2 -C /tmp
 Lösung 2:
 Warum nicht -C verwenden Option beim Erstellen:
$ tar cf /var/www/site.tar -C /var/www_bak/ site