Nach Stunden des gedankenlosen Googelns und der Hilfe wurde das Problem aufgedeckt. Ich habe meine SSH-Schlüssel mit ssh-keygen generiert und ein zusätzliches Argument "-o" hinzugefügt, das die Schlüssel in einem neuen Format für openSSH generiert. Das Problem war, dass mein Gnome-Schlüsselbund solche Schlüssel nicht unterstützte, da die Schlüssel das Ed255519-Signaturschema hatten. Gnome-keyring unterstützt das seit 3.20 nicht mehr. Ich bin zu RSA zurückgekehrt und habe keine Probleme mehr!.
In meinem Fall bestand das Problem darin, dass der GNOME-Schlüsselbund eine ungültige Passphrase für den zu verwendenden SSH-Schlüssel enthielt. Nachdem ich unangemessen viel Zeit mit der Fehlerbehebung dieses Problems verbracht hatte, führte ich seahorse aus und fand den Eintrag, der eine leere Zeichenfolge enthält.
Ich kann nur vermuten, dass es dadurch verursacht wurde, dass die Passphrase bei der ersten Verwendung vor einiger Zeit falsch eingegeben und dann wahrscheinlich der Requester oder so abgebrochen wurde, um auf die Befehlszeile zurückzugreifen.
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Das Aktualisieren des Eintrags mit der richtigen Passphrase löste das Problem sofort.
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Das Löschen dieses Eintrags (aus dem „Login“-Schlüsselbund) und die erneute Eingabe der Passphrase an dieser ersten Eingabeaufforderung (und das Aktivieren des entsprechenden Kontrollkästchens) löst dies ebenfalls.
Jetzt erhält der Agent die richtige Passphrase aus dem bei der Anmeldung entsperrten Schlüsselbund mit dem Namen "login" und fragt weder nach der Passphrase noch "verweigert den Vorgang" mehr. Natürlich YMMV.