Angenommen, das Server-Setup ist vernünftig und Sie aktualisieren innerhalb einer stabilen Version (ein Upgrade auf eine neue Hauptversion oder das Folgen einer Entwicklungsversion ist eine andere Sache), dann sollte apt-get upgrade normalerweise kein Problem darstellen und muss durchgeführt werden, um Sicherheit zu erhalten behebt.
Es hört sich so an, als hätte Ihr Hosting-Provider bei der Vorbereitung seiner Bilder viel vermasselt. Wenn sie keine Lösung finden, mit der Sie normale Distributionsaktualisierungen auf Ihren Server anwenden können, ist es an der Zeit, mit den Füßen abzustimmen.