Ich denke, das könnte das erreichen, was Sie wollen.
Files->Preferences->Search&Preview:
Search -> Search in subfolders: -> Never
Es scheint, dass diese Einstellung die Suche nur im aktuellen Ordner bewirken würde.
Oder Sie ändern diese Einstellung in CLI:
gsettings set org.gnome.nautilus.preferences recursive-search 'never'
Übrigens, mein Debian-Release ist Stretch.
Kurz gesagt, Sie können nicht! Derzeit sowieso nicht mit Debian, der dconf-Schlüssel wurde entfernt.
Es wurde in den letzten zwei Jahren als Fehler markiert, also sieht es nicht so aus, als würde sich so schnell etwas ändern.
Die beste Option ist, zu nemo zu wechseln, das von gnome2 Nautilus abgezweigt ist und immer noch gepflegt wird, aber ohne die wahnsinnigen neuen "Features", die sie Nautilus selbst hinzugefügt haben.