Was Sie suchen, ist der Filesystem Hierarchy Standard. Antworten auf alle von Ihnen gestellten Fragen finden Sie im FHS.
In Bezug auf das Schreiben von Anwendungen, die jeder Linux-Distribution entsprechen, sollten Sie sich auch die XDG Base Directory Specification ansehen. Es ist mehr Desktop-/benutzerorientiert.
Der Filesystem Hierarchy Standard ist hier wahrscheinlich die beste Referenz (siehe Wikipedia-Eintrag und den vollständigen Text in verschiedenen Formaten), wie vom LSB empfohlen. Obwohl keine Distribution, die ich kenne, vollständig dem Standard entspricht, sind die meisten nah dran, also ist es eine gute Referenz für die Entscheidung über Ihre eigene "Best Practice".
Es gibt eine Standardstruktur namens Filesystems Hierarchy Standard (FHS). Einige Linux-Distributionen halten sich daran, andere nicht.
Einfach ausgedrückt, wenn es um /usr und /var geht, kann man sagen, dass /usr vom Benutzer installierte Dateien sind, die sich nicht ändern, und /var für Dateien, die sich ändern (Spool, formatierte Dokumentation). So können Sie beispielsweise /usr über ein Netzwerk mounten und mehrere Computer haben, die sich das "statische" /usr/ teilen und ein lokales /var für Dateien haben, die "dynamisch" sind.
Zitate aus dem Handbuch für Linux-Systemadministratoren:http://tldp.org/LDP/sag/html/dir-tree-overview.html
/usr/lib
Unveränderliche Datendateien für Programme und Subsysteme, einschließlich einiger standortweiter Konfigurationsdateien. Der Name lib kommt von Bibliothek; Ursprünglich wurden Bibliotheken mit Programmiersubroutinen in /usr/lib gespeichert.
/usr/local
Der Ort für lokal installierte Software und andere Dateien. Distributionen dürfen hier nichts installieren. Es ist ausschließlich für die Verwendung durch den lokalen Administrator reserviert. Auf diese Weise kann er absolut sicher sein, dass keine Updates oder Upgrades seiner Distribution lokal installierte zusätzliche Software überschreiben.
/var/lib
Dateien, die sich ändern, während das System normal läuft.
Sie können mehr unter http://tldp.org/LDP/sag/html/dir-tree-overview.html lesen, wenn es andere Verzeichnisse gibt, über die Sie mehr wissen möchten.