Da die Ausgabe an stderr geht Sie müssen stderr umleiten etwa so:
FILE* file = popen("ntpdate 2>&1", "r");
dadurch wird stderr umgeleitet bis stdout und so sehen Sie die Ausgabe von beiden. Zweite Ausgabe fscanf stoppt beim ersten Leerzeichen, sodass Sie es durch fgets ersetzen können :
fgets(buffer, 100, file);
Da Shafik Yaghmour richtig diagnostiziert hat, sehen Sie die Ausgabe von ntpdate wird (korrekt) in seinen Standardfehler geschrieben, der der Standardfehler Ihres Programms ist.
Um die Fehlermeldungen zu erhalten, die über die Pipe gesendet werden, verwenden Sie:
FILE *file = popen("ntpdate 2>&1", "r");
Das sendet die Standardfehlerausgabe von ntpdate zur Standardausgabe des Befehls, das ist die Pipe, aus der Sie lesen.
Natürlich sieht es so aus, als würde man ntpdate verwenden wird nicht gut funktionieren, bis Sie etwas konfiguriert haben.