Das Kompilieren und Hochladen von Skizzen (im Gegensatz zu C/C++-Quellen) auf der Befehlszeile (unter Windows, Mac und Linux) wird seit 1.5.0 direkt über Flags an die ausführbare Arduino-Datei unterstützt.
Ein Ino kann mit arduino --upload [sketch.ino] kompiliert und hochgeladen werden
Dokumentation
Es gibt ein Befehlszeilen-Arduino-Toolkit namens Ino. Es tut einfach das.