Finden Sie jede Zeile in VI, die etwas anderes als ATCG enthält

Zunächst einmal möchten Sie die Datei auf keinen Fall in einem Editor öffnen (sie ist viel zu groß, um sie so zu bearbeiten).

Stattdessen, wenn Sie sich nur identifizieren möchten ob die Datei etwas anderes als A enthält , T , C und G , das können Sie mit

tun

grep '[^ATCG]' filename

Dies würde alle Zeilen zurückgeben, die etwas anderes als diese vier Zeichen enthalten.

Wenn Sie löschen möchten diese Zeichen aus der Datei, können Sie dies mit

tun

tr -c -d 'ATCG\n' <filename >newfilename

(ob dies der richtige Weg ist, die Datei zu "korrigieren" oder nicht, weiß ich nicht)

Dadurch würden alle Zeichen in der Datei entfernt, die nicht zu den vier gehören, und es würden auch Zeilenumbrüche (\n ). Die bearbeitete Datei würde in newfilename geschrieben werden .

Wenn es sich um einen systematischen Fehler handelt, der der Datei etwas hinzugefügt hat, dann könnte dies möglicherweise durch sed korrigiert werden oder awk , aber wir wissen noch nicht, wie Ihre Daten aussehen.

Wenn Sie die Datei in vi geöffnet haben oder vim , dann den Befehl

/[^ATCG]

findet das nächste Zeichen im Bearbeitungspuffer, das kein A ist , T , C oder G .

Und :%s/[^ATCG]//g wird sie alle entfernen.