finden ist dein Freund. Ich denke, das Folgende sollte es tun:
find <target_dir> -not -name \*.bz2 -exec bzip2 \{\} \;
Das heißt, wenn das Verzeichnis, in dem sich die Dateien befinden, die Sie komprimieren möchten, /var/log/blah ist, wäre es:
find /var/log/blah -not -name \*.bz2 -exec bzip2 \{\} \;