Ja, das ist sicher. Es ist nichts an sich unsicher daran, ein verstecktes Verzeichnis unter /etc zu haben. Der einzige Grund, warum rkhunter dies kennzeichnet, ist, dass legitime Programme dies ungewöhnlich tun, und wenn Malware dies tut, ist es weniger wahrscheinlich, dass Sie es sonst bemerken würden.
Es ist sicher in dem Sinne, dass es das System weder instabil noch vom Sicherheitsstandpunkt aus angreifbar macht.
Wie MechMK1 betont, besteht der einzige Grund für die Verwendung versteckter Verzeichnisse darin, dass die Benutzerverzeichnisse nicht mit Flusen gefüllt werden, die ihnen egal sind. Der /etc Verzeichnis ist hingegen gemeint um solche Flusen zu enthalten, also verstehe ich nicht, warum Sie es verstecken wollen.
Aus diesem Grund ist es kein erwartetes action und rkhunter markiert es als etwas Verdächtiges, das nur Malware tun würde. Aber Sie können es auch tun, wenn Sie möchten.