Die Antwort lautet ja, mit --link-dest von rsync Möglichkeit. Es ist einfach nicht offensichtlich, weil es kein einfaches Ein/Aus-Flag wie cp -l ist , weil es ein Pfadargument benötigt.
Also cp -l a/ b/ kann auch so gemacht werden:
rsync -a --link-dest=a a/ b/