Was Sie suchen, heißt "Deduplizierung". Während es normalerweise von Anbietern spezialisierter Speicherprodukte implementiert wird, implementiert es auch das ZFS-Dateisystem. Die meisten von Unix abgeleiteten Betriebssysteme können ZFS verwenden, und ich würde es daher als erste Anlaufstelle empfehlen.
Network Appliance, Inc. verfügt seit vielen Jahren über eine solche Speicherfähigkeit, tatsächlich haben sie bei Sun Microsystems Beschwerden wegen ihres ZFS-Dateisystems eingereicht und tun, was Aaron Miller in seiner akzeptierten Antwort erwähnt. Für das, was es wert ist, wurden die Beschwerden nach etwa 3 Jahren mit Oracle beigelegt.
Ich benutze dies seit 2000 als Unternehmenslösung und es funktioniert gut. Die Kosten für die Aufbewahrung nach der ersten „Kopie“ fallen an, sobald eine Änderung in der Datei erfolgt. Ansonsten kommt es bei vielen 'Kopien' nur zu einer leichten Erhöhung des Namensraums.
Ich denke nicht, dass dies die Frage nach "Betriebssystemebene" beantwortet, sondern eher auf "Dateisystemebene".