Probieren Sie msiextract aus, https://live.gnome.org/msitools
Und offene Bugs!
Obwohl es Ihnen nicht sofort helfen wird, arbeitet lessmsi an einer nativen Linux-Version. Es behält die Verzeichnisstruktur wie gewünscht bei, also lohnt es sich zu prüfen, ob dies ein langfristiges Problem für Sie sein wird. Leider scheint die .msi-Unterstützung unter Linux ziemlich spärlich zu sein, also könnte lessmsi oder msiexec durch wine Ihre einzige unmittelbare Option sein, selbst wenn (wie Sie sagten) wine eine ziemlich starke Abhängigkeit zum Extrahieren von Archiven ist.