Wenn Sie den MySQL-Server starten, können Sie --datadir angeben, sodass Sie wahrscheinlich etwas skripten könnten, um MySQL dazu zu bringen, die Daten auf dem USB-Stick zu verwenden.
Wenn Sie auf diese Weise eine Art leichte Entwicklung durchführen, würde ich Ihnen empfehlen, sqlite anstelle von mysql zu verwenden. Sie können die Datei einfach kopieren und müssen sich nicht um die Datenbank kümmern. Wenn Sie eine Datenbank-Abstraktionsschicht haben, kann dies ganz einfach durchgeführt werden.