Vielleicht haben Sie Verknüpfungen mit einem Menü-/Verknüpfungseditor erstellt, in meinem Fall ist es alacarte . Ich habe festgestellt, dass beim Entfernen von Verknüpfungen aus dem Menü von alacarte die .desktop-Datei in ~/.local/share/applications/ nicht entfernt wird aber nur Flag hidden=True setzen was gnome-do das irgendwie nicht erkennt, also zeigt es immer noch diese Verknüpfung an. Stellen Sie also sicher, dass .desktop Datei wurde zusammen mit dem Entfernen von ~/.local/share/gnome-do/ gelöscht Verzeichnis