Zum Entfernen markieren entfernt das Paket, aber nicht die dem Paket zugeordneten Konfigurationsdateien. Es ist äquivalent zu
apt-get remove package_name
Zum vollständigen Entfernen markieren löscht das Paket, d. h. entfernt sowohl die Paketdateien als auch seine Konfiguration. Es ist äquivalent zu
apt-get --purge remove package_name
Aus dem Synaptic Package Manager-Handbuch:
3.2. So entfernen Sie Pakete
Konfigurationsdateien und vom Benutzer erstellte Daten (z. B. eine Website in "/var/www") werden standardmäßig nicht vom System entfernt.
Nur Debian :Sie können das Standardverhalten in den Einstellungen ändern.
Nur Debian :Um alle Dateien zu entfernen, die sich auf das Paket beziehen, wählen Sie „Zum vollständigen Entfernen markieren“ anstelle von „Zum Entfernen markieren“.