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„x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc“ kann nicht ausgeführt werden:Keine solche Datei oder dieses Verzeichnis (Pysam-Installation)

Sie können denselben Fehler auch beim Installieren einiger R-Pakete erhalten, wenn R mit conda installiert wurde (wie ich es getan hatte).

Installieren Sie dann einfach das Paket, indem Sie Folgendes ausführen:conda install gxx_linux-64 um diesen Befehl verfügbar zu haben.

Quelle:https://github.com/RcppCore/Rcpp/issues/770#issuecomment-346716808


Es sieht so aus, als hätte Anaconda eine neue Version (4.3.27), die den C-Compiler-Pfad auf eine nicht vorhandene ausführbare Datei setzt (ziemlich peinlicher Fehler; ich bin sicher, dass sie ihn bald beheben werden). Ich hatte ein ähnliches Problem mit der Pip-Installation mit dem neuesten Miniconda, das ich behoben habe, indem ich die Version 4.3.21 verwendet und sichergestellt habe, dass ich nicht so etwas wie conda update conda mache .

Siehe https://repo.continuum.io/miniconda/ mit Veröffentlichungsdaten und Versionen.


Es sollte jetzt sicher sein, conda zu aktualisieren. Dies ist in den folgenden Python-Paketen für Linux-64 behoben:

  • python-3.6.2-h0b30769_14.tar.bz2
  • python-2.7.14-h931c8b0_15.tar.bz2
  • python-2.7.13-hac47a24_15.tar.bz2
  • python-3.5.4-hc053d89_14.tar.bz2

Das Problem war wie von Jon Riehl beschrieben – wir (Anaconda, ehemals Continuum) bauen alle unsere Pakete mit einem neuen GCC-Paket, das wir mit crosstool-ng erstellt haben. Dieses Paket hat kein gcc, es hat ein vorangestelltes gcc - der fehlende Befehl, den Sie sehen, x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc . Dies wird in Python gebacken, und jede Erweiterung, die mit diesem Python erstellt wurde, sucht nach diesem Compiler. Wir haben das Problem mithilfe der Variable _PYTHON_SYSCONFIGDATA_NAME behoben, die zu Python 3.6 hinzugefügt wurde. Wir haben das auf Python 2.7 und 3.5 zurückportiert. Sie werden jetzt nur noch sehen, dass Python Standard-Compiler (gcc) verwendet, und Sie müssen _PYTHON_SYSCONFIGDATA_NAME auf den entsprechenden Dateinamen setzen, damit die neuen Compiler verwendet werden. Das Setzen dieser Variable ist etwas, das wir in die Aktivierungsskripte für das Compiler-Paket einfügen, sodass Sie sich nie darum kümmern müssen. Es kann jedoch ein oder zwei Tage dauern, bis wir neue Compiler-Pakete herausbringen, also posten Sie Probleme im conda-build Issue Tracker, wenn Sie die neuen Compiler verwenden möchten und Hilfe beim Einstieg benötigen.

Relevante Codeänderungen finden Sie unter:

  • py27:https://github.com/anacondarecipes/python-feedstock/tree/master-2.7.14
  • py35:https://github.com/anacondarecipes/python-feedstock/tree/master-3.5
  • py36:https://github.com/anacondarecipes/python-feedstock

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