docker, openmpi und unerwartetes Ende der /proc/mounts-Zeile

Dies liegt wahrscheinlich an Ihrem /proc/mount Datei, die eine Zeile enthält, die länger als 512 Zeichen ist, was dazu führt, dass das hwloc-Modul von OpenMPI sie nicht korrekt analysieren kann. Docker neigt dazu, sehr lange Zeilen in /proc/mounts einzufügen . Sie können den Fehler in openmpi-1.10.7/opal/mca/hwloc/hwloc191/hwloc/src/topology-linux.c:1677 sehen :

static void
hwloc_find_linux_cpuset_mntpnt(char **cgroup_mntpnt, char **cpuset_mntpnt, int fsroot_fd)
{
#define PROC_MOUNT_LINE_LEN 512
  char line[PROC_MOUNT_LINE_LEN];
  FILE *fd;

  *cgroup_mntpnt = NULL;
  *cpuset_mntpnt = NULL;

  /* ideally we should use setmntent, getmntent, hasmntopt and endmntent,
   * but they do not support fsroot_fd.
   */

  fd = hwloc_fopen("/proc/mounts", "r", fsroot_fd);
  if (!fd)
    return;

Dies kann behoben werden, indem der Wert von PROC_MOUNT_LINE_LEN erhöht wird , obwohl dies als vorübergehende Problemumgehung betrachtet werden sollte.

Dieses Problem sollte in hwloc seit 1.11.3 (veröffentlicht vor 2 Jahren) behoben sein. Sie können entweder auf OpenMPI 3.0 upgraden, das ein hwloc 1.11.7>=1.11.3 enthält. Oder kompilieren Sie OpenMPI neu, um ein externes hwloc anstelle des alten eingebetteten zu verwenden.