Die Dateideskriptoren werden von den Threads gemeinsam genutzt. Wenn Sie "threadspezifische" Offsets wünschen, warum nicht jeden Thread einen anderen Dateideskriptor verwenden lassen (open(2) mehrmals) ?
Nein, es gibt nur eine Dateideskriptortabelle pro Prozess, und sie wird von allen Threads geteilt.
Ausgehend von Ihrer Problembeschreibung sollten Sie sich die Funktionen pread() und pwrite() ansehen.